Ucapan permintaan maaf KH Abdurrahman Wahid secara terbuka di berbagai media massa, ternyata memiliki pengaruh yang cukup besar. Sebab pernyataan itu bukan saja menentramkan hati Umat Kristen dan Katholik yang sedang terlanda musibah, melainkan lebih dari itu telah memancing pula munculnya sosok-sosok di balik konspirasi untuk memanfaatkan pernyataan Ketua PCNU itu. Dalam tempo singkat, misalnya, telah menyebar berita bahwa dalang di balik kerusuhan itu adalah KH Achmad Sofyan yakni Ketua Syuriah PCNU Situbondo. Bahkan terjadi pula usaha-usaha untuk menimpakan kesalahan dari kasus itu kepada KH Abdurrahman Wahid dan Drs Choirul Anam, Ketua GP. Ansor Jawa Timur.
Muniggi, Ketua Pimpinan Cabang GP Ansor Situbondo menuturkan bahwa sesudah pecahnya peristiwa kerusuhan 10 Oktober itu ia bersilaturahmi ke kediaman KH Wahid Zaini, pengasuh Pondok Pesantren Nurul Jadid, Paiton, Probolinggo. Bersama dengan itu, ungkap Muniggi, hadir pula di situ seorang wartawan harian Republika perwakilan Surabaya dengan lima orang kawannya yang mengaku dari ICMI.
"Kepada Kiai Wahid Zaini, wartawan itu dan kawan memberikan uraian panjang dan lebar tentang peristiwa 10 Oktober itu," ungkap Muniggi, "Dan inti dari pembicaraan wartawan itu, bahwa Gus Dur dan Cak Anam (Ketua Ansor Jawa Timur) adalah pihak yang paling bersalah karena di surat kabar menyatakan meminta maaf atas kerusuhan tersebut. Saya sendiri tidak tahu, kenapa isi wartawan dan kawan menyalahkan Gus Dur dan Cak Anam dalam kasus itu. Saya menduga, wartawan dan kawan pasti mendatangi kiai yang lain untuk menyampaikan pendapatnya itu."
Sementara opini publik yang mendiskreditkan pimpinan NU disebarluaskan oleh organ-organ konspirasi seperti wartawan dan kawan, berlangsung pula pembentukan opini dalam wujud lain seperti memasang potret-potret KH Abdurrahman Wahid dan KH Kholil As'ad di berbagai tempat dimulai di PN, kantor-kantor pemerintah, kemudian toko-toko, dan rumah rumah warga non-muslim dengan asumsi bahwa massa tidak akan menyerang tempat-tempat yang ada foto kedua pemimpin umat Islam itu. Tidak diketahui siapa yang mengawali dan menghembuskan opini seperti itu, yang jelas untuk sementara waktu di Situbondo sempat beredar opini yang tidak menguntungkan bagi para ulama pimpinan NU baik KH Abdurrahman Wahid, KH Kholil dan KH Sofyan.